Na mocy decyzji Rady Ministrów z 21 lipca 1998 r. z dniem 1 sierpnia utworzona została Gorzowska Wyższa Szkoła Zawodowa w Gorzowie Wielkopolskim. Funkcję rektora powierzono prof. dr. hab. Zenonowi Głodkowi. Zgodnie z ustawą o wyższych szkołach zawodowych do podstawowych zadań nowej jednostki zaliczono kształcenie studentów w zakresie 6 specjalności zawodowych. W celu realizacji zadań edukacyjnych, w momencie powstania Uczelni, stworzono strukturę instytutową, powołując dwie tego typu jednostki: Instytut Administracji i Zarządzania oraz Instytut Nauczycielski, a także Kolegium Języków Obcych. Utworzono również ogólnouczelniane: Studium Języków Obcych, Studium Informatyki, Studium Wychowania Fizycznego. W kolejnych latach powstały następne dwa instytuty, z których ostatni powołano w 2009 r., gdy PWSZ zakupiła prywatną uczelnię – Wyższą Szkołę Informatyczną w Gorzowie Wielkopolskim, na bazie której utworzono Instytut Techniczny. W takiej strukturze instytutów PWSZ funkcjonowała do 2013 r., kiedy to Senat Uczelni pozytywnie zaopiniował ideę powołania podstawowych jednostek organizacyjnych, dzięki czemu, jako pierwsze, powołano wydziały: Ekonomiczny oraz Humanistyczny, a następnie Administracji i Bezpieczeństwa Narodowego oraz Techniczny. W 2000 r. rozpoczęło działalność wydawnictwo naukowe PWSZ. W ciągu kolejnych szesnastu lat nakładem oficyny ukazały się 233 tytuły o łącznym nakładzie ponad 40 tys. egzemplarzy.
W 2008 r. JM Rektor prof. dr hab. Elżbieta Skorupska-Raczyńska podjęła zakrojone na szeroką skalę prace w celu wzmocnienia uczelni pod względem naukowym. Wsparcie młodej kadry naukowej oraz pozyskiwanie kadry zewnętrznej na pierwszy etat do Gorzowa zaowocowało zdynamizowanym rozwojem w kolejnych latach. Uczelnia zaczęła wypracowywać pozycję bardzo dobrej wyższej szkoły zawodowej. Rozwój badań i kadry naukowej zaczęto dostrzegać w środowisku akademickim. Prace zmierzające do podniesienia statusu Uczelni prowadzone były na przestrzeni kilku lat. W złożonym procesie, poza rozwojem kadry i badań naukowych, były także widoczne działania formalno-prawne, w ramach których podejmowano szereg działań, począwszy od konsultacji, poprzez stanowienie wewnętrznych aktów normatywnych związanych z dostosowywaniem struktury Uczelni. Do końca 2015 r. realizowany był plan upoważniający do złożenia wniosku o powołanie samodzielnej uczelni akademickiej. Autorem koncepcji i głównym wykonawcą skomplikowanego, ambitnego i ważnego dla przyszłości Gorzowa Wielkopolskiego i regionu zadania była prof. dr hab. Elżbieta Skorupska-Raczyńska wraz z zespołem. Kryteria ww. planu zostały oparte o silne filary, takie jak: intensywny rozwój pierwszo-etatowej kadry naukowej, znaczący stan badań, rozbudowa nowoczesnej infrastruktury. Wysiłek JM Rektor został uwieńczony sukcesem: 13 maja 2016 r. w Sejmie została uchwalona ustawa o utworzeniu Akademii im. Jakuba z Paradyża[3].
Obecnie w Uczelni funkcjonuje pięć wydziałów: Administracji i Bezpieczeństwa Narodowego, Ekonomiczny, Humanistyczny, Techniczny, Turystyki i Nauk o Zdrowiu, w ramach których funkcjonują katedry i zakłady. Studenci mogą kształcić się na 18 kierunkach studiów licencjackich, inżynierskich i magisterskich, z obszaru nauk technicznych, humanistycznych, społecznych oraz nauk medycznych i nauk o zdrowiu, a są to: automatyka i robotyka, mechanika i budowa maszyn, inżynieria bezpieczeństwa, informatyka, energetyka, zarządzanie, finanse i rachunkowość, logistyka, filologia polska, filologia (język angielski, język niemiecki), turystyka i rekreacja, pedagogika, pedagogika przedszkolna i wczesnoszkolna (pięcioletnie jednolite studia magisterskie), komunikacja medialna i społeczna, pielęgniarstwo, bezpieczeństwo narodowe, administracja, kryminologia stosowana. Kolejne kierunki są w procedurze przygotowawczej. Od początku działalności uczelni funkcjonuje w jej strukturach biblioteka, składająca się obecnie z Biblioteki Głównej im. Elizy Orzeszkowej (kampus przy ul. Fryderyka Chopina) oraz Biblioteki im. prof. Ewy Rzetelskiej-Feleszko (kampus przy ul. Teatralnej).
W AJP działają także jednostki ogólnouczelniane: Akademickie Centrum Badań Euroregionalnych pod patronatem Instytutu Slawistyki PAN, Akademickie Centrum Studiów Niemcoznawczych i Europejskich, Akademickie Centrum Ukrainoznawcze, Akademickie Centrum Wsparcia Osób z Niepełnosprawnościami, Biblioteka Główna im. Elizy Orzeszkowej, Dom Studenta nr 1, Ośrodek Edukacyjny Czym skorupka za młodu, Ośrodek Edukacyjny Lubuska Młodzieżowa Akademia Bezpieczeństwa, Akademicka Poradnia Językowa oraz Szkoła Języka Polskiego dla Cudzoziemców oraz Instytut Nanotechnologii i Nanobiologii.
W styczniu 2019 r. Akademia uzyskała prawa do doktoryzowania w dyscyplinie językoznawstwo. W tym samym miesiącu Wydawnictwo Naukowe AJP zostało wpisane na prestiżową listę renomowanych wydawnictw MNiSW i przyznano mu 80 pkt. Obecnie procedowany jest kolejny wniosek o nadanie uprawnień do doktoryzowania w zakresie mechaniki i budowy maszyn.
